![]()
ردیابی برخی ویروسهای مهم در جالیزکاریهای استان کردستان با روش RT-PCR [پایاننامه کارشناسی ارشد] (1393) / محمدی ، کژال، نویسنده
![]()
نوع مدرک: برنامهها و فایلهای کامپیوتری سرشناسه محمدی ، کژال، نویسنده عنوان : ردیابی برخی ویروسهای مهم در جالیزکاریهای استان کردستان با روش RT-PCR [پایاننامه کارشناسی ارشد] تکرار نام مولف : پدیدآور: کژال محمدی استاد راهنما: محمد حاجیزاده استاد مشاور: داود کولیوند ناشر: سنندج [ایران] : دانشگاه کردستان، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی سال نشر : 1393 یادداشت موضوع: ویروسشناسی
رشته: مهندسی کشاورزی - بیماریشناسی گیاهی ـ ویروسشناسیشناسه افزوده : حاجیزاده ، محمد، استاد راهنما کولیوند ، داود، استاد مشاور توصیفگرها ویروس ، کردستان (استان) ، نیکوتیانا تاباکوم ، کوکوربیتا پپو ، کوکومیس ساتیووس ، کنوپودیوم کینوآ ، خیارها ، پوتی ویروس موزاییک زرد کدو ، Virus, Kurdistan (Province), Nicotiana Tabacum, Cucurbita Pepo, Cucumis Sativus, Cenopodium Quinoa, Cucumbers, Pumpkin Yellow Mosaic Potyvirus چکیده : در پژوهش حاضر به منظور ردیابی ویروسهای موزائیک خیار (CMV)، موزائیک زرد کدو (ZYMV) و موزائیک پیسک سبز خیار (CGMMV)از مزارع جالیز استان کردستان طی بهار، تابستان و پاییز سالهای 1392، 1393 تعداد 81 نمونه برگی بادمجان، خیار، فلفل، کدو، گوجه-فرنگی و لوبیاسبز مشکوک به آلودگی جمعآوری شد.در مایهزنی مکانیکی، عصاره برگ نمونههای مشکوک به آلودگی با این سه ویروس روی گیاهان محک سلمهتره (Chenopodium quinoa)، خیار (Cucumis sativus)، کدو (Cucurbita pepo)، توتون (Nicotiana tabacum) و لوبیاسبز (Phaseolusvulgaris) با بافر فسفات پتاسیم 1/. مولار و pH=7 مایهزنی شدند. دو نمونه W1 و ZMK4بعد از مایهزنی در گیاه خیار با ایجاد علائم بدشکلی منجر به انتقال CMV و ZYMV شدند. به منظور ردیابی ویروسهای مورد نظر، استخراج آرانای کل از نمونههای مشکوک انجام و سنتز دیانای مکمل با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی انجام شد.پیسیآر با آغازگرهای اختصاصیCMV(f)/CMV(r) و ZYMV(f)/ZYMV(r) به ترتیب منجر به تکثیر قطعهی مورد انتظار به طول bp867 مربوط به CMVو قطعه bp432 مربوط به ZYMVاز ژن پروتئین پوششی در 17 نمونه آلوده به این ویروس شد ولیCGMMV در هیچکدام از نمونهها ردیابی نشد.به منظور بررسی صحت قطعات تکثیر یافته فرآورده پی-سیآر دو نمونه W1 و Z3 با قطعهی bp867 به صورت مستقیم و قطعه bp432 مربوط به ایزوله B21پس از همسانهسازی برای تعیین توالی فرستاده شدندبدین منظور فرآورده پیسیآر به پلاسمید pTG19-T متصل و در باکتری E. coliDH5αکلون شد. باکتریهای ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب روی محیط کشت حاوی آمپیسیلین، IPTG و X-Gal انتخاب و غربال شده و پلاسمید نوترکیب حاوی قطعه پیسیآر، از باکتریهای ترانسفورم شده استخراج گردید. پلاسمیدهای نوترکیب با استفاده از آغازگر T7 promotor تعیین توالی شد و توالیهای CMV و ZYMV در بانک ژن ثبت گردید. همردیفسازی توالی CMV،98/8 % تشابه بین ایزولههای Z3 و W1 را نشان داد. 99-82% شباهت نوکلئوتیدی میان ایزولههای CMV استان کردستان با سایر ایزولههای گزارش شده دیده شد. ایزوله B21 دارای 99-91% شباهت نوکلئوتیدی با سایر ایزولههای ایران و جهانZYMVبود. آنالیز فیلوژنی براساس توالی ناحیه CP نشان داد که ایزولههای CMV با سایر ایزولههای ایرانی گزارش شده در یک گروه قرار میگیرد، در حالی که ایزوله B21 با ایزولههای صربستان، اتریش، مجارستان و اسلواکی در یک گروه قرار میگیرد لینک فایل دیجیتالی : https://ganj.irandoc.ac.ir/#/articles/217b670c5c26a4b1d8ef5925e2660a2d لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=15230 زبان مدرک : فارسی
شماره ثبت شماره بازیابی نام عام مواد محل نگهداری بخش وضعیت ثبت وضعیت امانت فاقد شماره ثبت ![]()
ردیابی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس موزاییک هندوانه در کدوییان استان کردستان [پایاننامه کارشناسی ارشد] (1395) / بهرام پور ، هاجره، نویسنده
![]()
نوع مدرک: برنامهها و فایلهای کامپیوتری سرشناسه بهرام پور ، هاجره، نویسنده عنوان : ردیابی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس موزاییک هندوانه در کدوییان استان کردستان [پایاننامه کارشناسی ارشد] تکرار نام مولف : پدیدآور: هاجره بهرام پور استاد راهنما: محمد حاجیزاده استاد مشاور: جعفر عبداللهزاده ناشر: سنندح [ایران] : دانشگاه کردستان سال نشر : 1395 یادداشت رشته: مهندسی کشاورزی - بیماریشناسی گیاهی ـ بیماریشناسی گیاهی شناسه افزوده : حاجیزاده ، محمد، استاد راهنما عبداللهزاده ، جعفر، استاد مشاور توصیفگرها کدوییان ، کردستان ، نوترکیبی ، آرتی پی سی آر ، ویروس موزاییک هندوانه ، Kodoiyan, Kurdistan, recombination, RT-PCR, W.M.V چکیده : ویروس موزاییک هندوانه (Watermelon mosaic virus, WMV) یکی از گونههای مهم جنس Potyvirus از خانوادهی Potyviridae میباشد. بهمنظور ردیابی ویروس موزاییک هندوانه از جالیزکاریهای استان کردستان، طی تابستان سال 1393، 46 نمونه برگی از میزبانهای خیار، کدو، لوبیا سبز، هندوانه و بادمجان که دارای علائم مشکوک به این ویروس بودند، جمعآوری شد. ابتدا RNA کل مطابق روش بهینهشده روحانی و همکاران (1993) استخراج و سپس، با استفاده از آغازگرهای شش نوکلئوتیدی تصادفیcDNA مربوط به آنها ساخته شد. درنهایت، محصولات cDNA بهعنوان الگو برای تکثیر قسمتی از ژن پوشش پروتئینی ویروس موزائیک هندوانه در واکنش زنجیرهای پلیمراز با استفاده از آغازگرهایWMVCP-f/WMV CP-r بهکار گرفته شد. نتایج الکتروفورز روی ژل آگارز 2/1%، حاکی از تکثیر قطعه مورد انتظار حدود 657 جفت بازی در 22 نمونه (47 درصد) از نمونههای مورد مطالعه بود . در کل، بر اساس نتایج RT-PCR، 40%، 77%، 45% و 66% از نمونههای مورد مطالعه به ترتیب در میزبانهای خیار، کدو، لوبیا سبز و هندوانه آلوده به ویروس موزاییک هندوانه بودند. در حالیکه، این ویروس از میزبان بادمجان ردیابی نشد. قطعات تکثیر شده از ده نمونهی (B21،B22 ، C49،C44 ، W5، W1، H7، Z3، Z6،Z17) پس از همسانهسازی، با استفاده از آغازگر T7 promoter تعیین توالی شدند و توالیهای بهدست آمده شامل 657 نوکلئوتید همراه با 89 ترادف انتخاب شده از بانک ژن مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیکی و تخمین پارامترهای ژنتیکی با نرمافزارهای MEGA6 و DnaSP انجام شد. نتایج بهدست آمده از درخت فیلوژنتیکی این جدایهها را در 3 گروه (CL),Group1 (G2) ,Group2 (EM) Group3 قرار داد که جدایههای تعیین توالی شده در این تحقیق در گروه CL قرار گرفتند. محاسبه تنوع ژنتیکی (π) نشان داد که تنوع بین جدایههای استان کردستان 015/0 میباشد در حالیکه، بین جدایههای ایران و جهان به ترتیب 0318/0 و 0435/0 تنوع وجود داشت. نسبت جانشینی نامترادف به جانشینی مترادف (dN/dS) در گروههای فیلوژنتیک کمتر از 1 بهدست آمد که نشاندهنده نقش موثر انتخاب منفی در تنوع و تکامل این ویروس میباشد. بر اساس نتایج آنالیز نوترکیبی دو رخداد نوترکیبی در پنج جدایه از جمعیت ایران (Urmia, HOR.HA.1, AZ.MO.2, YAZ.MO.1 and YAZ.TA.1) مشاهده شد. بهنظر میرسد که جهش نوکلئوتیدی، نوترکیبی و جریان ژنی نقش اساسی در تکامل این ویروس داشته است. بر اساس منابع موجود، این اولین گزارش از ردیابی ویروس موزاییک هندوانه در میزبانهای لوبیا سبز و هندوانه و بررسی تنوع مولکولی در میزبانهای خیار، لوبیا سبز، کدو و هندوانه در استان کردستان میباشد لینک فایل دیجیتالی : https://ganj.irandoc.ac.ir/#/articles/2333550cc95bffeab74496324abbbe2b لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=15735 زبان مدرک : فارسی
شماره ثبت شماره بازیابی نام عام مواد محل نگهداری بخش وضعیت ثبت وضعیت امانت فاقد شماره ثبت ![]()
ردیابی نپوویروس های مهم انگور با روش RT-PCR از تاکستان های استان کردستان [پایاننامه کارشناسی ارشد] (1392) / حسینی ، سیروان، نویسنده
![]()
نوع مدرک: برنامهها و فایلهای کامپیوتری سرشناسه حسینی ، سیروان، نویسنده عنوان : ردیابی نپوویروس های مهم انگور با روش RT-PCR از تاکستان های استان کردستان [پایاننامه کارشناسی ارشد] تکرار نام مولف : پدیدآور: سیروان حسینی استاد راهنما: محمد حاجیزاده استاد مشاور: بهمن بهرامنژاد ناشر: سنندج [ایران] : دانشگاه کردستان، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی سال نشر : 1392 یادداشت موضوع: کشاورزی، عمومی و میان رشته ای
رشته: مهندسی کشاورزیشناسه افزوده : حاجیزاده ، محمد، استاد راهنما بهرامنژاد ، بهمن، استاد مشاور توصیفگرها رتدوم هگزامر ، کردستان (استان) ، ویروس زدگی ها ، بیماری های گیاهی ، لونژیدوریده ، تاکستان ، کشت های آغازگر ، نپوویروس ها ، انگورها ، واکنش زنجیره ای پلیمراز ، رونویسی معکوس ، Hexamer ratdom, Kurdistan (province), virus infections, plant diseases, Longidorididae, vineyard, starter cultures, nepoviruses, grapes, polymerase chain reaction, reverse transcription چکیده : بیماریهای ویروسی ناشی از نپوویروسها از مخربترین بیماریهای ویروسی مو در سراسر جهان به حساب میآیند که با نماتدهای خانواده Longidoridae منتقل میشوند. اغلب این ویروسها دارای میزبانهای طبیعی متعددی در بین گیاهان زینتی و غیر زینتی، درختان میوه و علفهای هرز میباشند. پیکره اعضای این جنس دو بخشی، جورقطر و به قطر حدود 30 نانومتر میباشد. غلظت این ویروسها در گیاه و به ویژه تاک پایین است و در نتیجه این امر ردیابی آنها را مشکل میسازد. در این تحقیق سعی شد تا نپوویروسهای مهم تاک از تاکستانهای استان کردستان مورد ردیابی قرار گیرند. به همین منظور، در طول فصول تابستان و پاییز سالهای 1391 و 1392 از تاکستانهای مختلف استان کردستان (سنندج، کامیاران، مریوان، قروه، اورامان، سقز، دهگلان، بانه و بیجار) 120 نمونه جمعآوری گردید. مجموعهای از علایم احتمالی ناشی از ویروس شامل زیگزاگی شدن ساقه، موزائیک، کوتاهی فاصله میانگره، دوقلو شدن جوانه، کوتولگی، رگبرگ زردی و بدشکلی به صورت تکی یا ترکیبی از آنها مشاهده شد. برای ردیابی دقیق نمونههای جمعآوری شده، از روش مولکولی Reverse transcription-Polymerase chain reaction استفاده شد. به این منظور، ابتدا نوکلئیک اسید کل از برگهای جمعآوری شده استخراج و تهیه cDNA با استفاده از آغازگر راندوم هگزامر انجام گرفت. سپس آزمون Polymerase chain reaction با به کار گرفتن جفت آغازگرهای عمومی جنس نپوویروس و همچنین در صورت لزوم با آغازگرهای اختصاصی این ویروسها انجام و قطعات تکثیر شده در ژل آگارز 2/1% مورد بررسی قرار گرفتند. در این تحقیق ویروسهایGFLV، ArMV، TRSV به ترتیب به میزان 11%، 5% و 2% در بین نمونههای مورد مطالعه ردیابی شدند. در این مطالعه ویروسهای GFLV (Grapevine fanleaf virus)، ArMV (Arabis mosaic virus) و TRSV (Tobacco ringspot virus) برای اولین بار با روش RT-PCR از استان کردستان و ویروس TRSV برای اولین بار از تاکستانهای ایران با روش RT-PCR گزارش میشوند. نتایج حاصل از این تحقیق بیانگر آن است که با توجه به حضور چند ویروس مذکور در مناطق مورد تحقیق، استفاده از روش دقیق و حساس RT-PCR برای تشخیص پایههای مادری عاری از ویروس ضروری به نظر میرسد لینک فایل دیجیتالی : https://ganj.irandoc.ac.ir/#/articles/3278f9e7fb8f9ed1e6e658036bf0d453 لینک ثابت رکورد: ../opac/index.php?lvl=record_display&id=15288 زبان مدرک : فارسی
شماره ثبت شماره بازیابی نام عام مواد محل نگهداری بخش وضعیت ثبت وضعیت امانت فاقد شماره ثبت