هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی تنوع و تفاوتهای ژنتیکی موجود در جمعیت اسب کردی در ایران با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهوارهای بود. در این پژوهش از 99 راس اسب کرد متعلق به استانهای کرمانشاه، کردستان، همدان و آذربایجان غربی در ارزیابی تنوع و تفاوت ژنتیکی درون جمعیتی استفاده شد. استخراج DNA به روش استخراج نمکی از نمونههای خون جمعآوری شده، انجام گرفت. از بین چهار آغازگر طراحی شده، دو آغازگرP2:(GA)9C و P1:(AG)9C که تعداد باند و پلیمورفیسم بیشتری را نشان داده بودند، برای اجرای این تحقیق انتخاب شدند. آغازگرهای مورد استفاده در مجموع 50 باند تولید کردند که 45 باند (90 %) آن پلیمورف بودند. دندروگرام روابط ژنتیکی درون جمعیت با استفاده از اطلاعات حاصل ماتریس باینری و به روش Xlstat ترسیم گردید. میانگین (± انحراف معیار) تنوع ژنی با استفاده از دو آغازگر (GA)9C و (AG)9C برای کل نمونههای جمعیت 0/1560± 0/3646بود. بررسی تشابه ژنتیکی درون جمعیتها به دو روش استاندارد نئی (1972) و روش نااریب نئی (1978) نشان داد که بیشترین تشابه ژنتیکی بین گروههای درون جمعیت اسب کردی توسط آغازگر (AG)9Cمشاهده شد. دندروگرام بدستآمده از آغازگر (AG)9C جمعیت را به چهار گروه، آغازگر (GA)9C جمعیت را به هفت گروه و ترکیب هر دو آغازگر جمعیت را به سه گروه تقسیم کرد. میانگین (± انحراف معیار) شاخص شانن بدست آمده توسط آغازگر (AG)9C مقدار 0/1832±0/5772، (GA)9C، 0/2546±0/5382 و برای ترکیب دو آغازگر 0/2091±0/5311 در جمعیت بود. مقادیر بدستآمده برای آلل موثر، درصد باند پلیمورف، تنوع ژنی نئی و شاخص شانون با آغازگر (AG)9C تنوع ژنتیکی بیشتری را نسبت به آغازگر (GA)9C در جمعیت اسب کردی نشان داد