در این پژوهش، از مارکر بین ریزماهواره (ISSR) جهت بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت سیاهماهی خالدار(Capoeta trutta) در استان کردستان استفاده شد. 6 آغازگر دینوکلئوتیدی AG)9C، (GA)9C، (AC)9T، (CA)9T، (GT)9C) و TG)9C) طراحی گردید. از شش آغازگر مورد استفاده تنها در سه آغازگر AG)9C،(GA)9C) وAC)9T) باندهای واضح، تکرارپذیر و قابل امتیازدهی در شرایط واکنش PCR مورد استفاده مشاهده شد. در مجموع 115 نمونه متعلق به شش جمعیت با استفاده از سه پرایمر مورد مشاهده قرار گرفتند. این سه آغازگر در مجموع تعداد 56 باند تکرار پذیر در شش جمعیت مورد مطالعه تولید نمودند که درصد پلیمورفیسم در جمعیت رودخانههای سیروان، گاوهرود، قشلاق، چومان، گرماب و شوی به ترتیب 64/29%، 69/64%، 67/86%، 85/71%، 69/64% و 58/93% به دست آمد. مجموع تعداد لوکوسها و تعداد لوکوسهای پلیمورف از هر پرایمر در محدوده 21-16 و 18-14 بود. میانگین هتروزیگوسیتی در جمعیتهای سیروان، گاوهرود، قشلاق، چومان، گرماب و شوی به ترتیب 11%، 14%، 13%، 21%، 13% و 10% بود. مقایسه این شش جمعیت نشان دهنده تفاوت معنیداری در تنوع ژنتیکی، شامل حداقل تعداد از مجموع لوکوسها (0/05≥P)، حداقل تعداد از مجموع لوکوسهای پلیمورف (0/05≥P)، حداقل تعداد ژنوتیپ ها (0/05≥P) و شاخص شانون (0/05≥P) بود. استفاده از تکنیک ISSR به عنوان ابزاری با حساسیت بالا و تکرارپذیر جهت مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت سیاهماهی خالدار(Capoeta trutta) مشخص شد. نتایج شاخصهای تنوع ژنتیکی، هتروزیگوسیتی، شاخص شانون، آلل مشاهده شده و آلل موثر در جمعیتها نشان دهنده وجود تنوع متوسط در جمعیتهای مورد بررسی میباشد